Cuenca del Cauto
Superficie total: 9 540 km2 (8,1 % del territorio nacional)
Población: 1 167 400 habitantes (10% del total del país)
Potencial de recursos hidráulicos: 2 676.9 Hm3,
Aprovechables: 1 972 Hm3 (aproximadamente 70% del potencial).

Los suelos presentan una afectación potencial de 68% por erosión, 51% por mal drenaje en diverso grado y 38% por salinidad. La superficie cubierta de bosque representa 16% del área total de la cuenca.
Existen 652 focos contaminantes, de ellos se han identificado 140 como los más agresivos y problemáticos, ocasionados por residuales de los centrales azucareros, despulpadoras de café, otras industrias y residuales domésticos. Su carga contaminante estimada es de 99.89 ton DBO5/día, equivalente a una población de 2 378 332, lo que representa 203% de su población actual.

Cuenca Zaza

Superficie total: 2 413 km2 (2,2 % del territorio nacional)
Población: 264 148 habitantes (2,4% del total del país)

Comprende 13% del territorio de la provincia de Villa Clara y 87% de la provincia de Sancti Spíritus.
Se estima que 93% de los suelos presenta diferentes grados de afectación, 4.5% está muy fuertemente erosionados y 16% se ha clasificado como fuertemente erosionado. La deforestación es extensa, sólo 2.4% del área está cubierto de bosques.
De los 94 focos contaminantes existentes, 64 vierten sus residuales a las aguas superficiales y de ellos 80% carecen de sistemas de tratamiento. Los más problemáticos pertenecen al Ministerio de la Industria Azucarera, el Ministerio de la Agricultura, el Ministerio de la Industria Alimenticia y a los Organos Locales del Poder Popular; en este último caso se incluyen los residuales de origen doméstico. Su carga contaminante estimada es de 11.58 ton DBO5/día, equivalente a una población de 274 285, lo que representa 104% de su población actual.

Cuenca Cuyaguateje

Superficie total: 723 km2
Población: 40 211habitantes (0.38% del total del país),
Situada en el centro y sur occidente de la provincia de Pinar del Río. El sistema de asentamientos está compuesto por cuatro núcleos urbanos: Guane, Isabel Rubio, Sumidero y El Moncada y 34 lugares habitados rurales de los cuales 19 con una población mayor de 200 habitantes.
El Sistema hidrográfico está representado por los ríos: Cuyaguateje y sus afluentes principales Guasimal (89 km2), Frío (62.3 km2), Portales (57.2 km2) y El Junco (46.6 km2).
Existen 8 focos contaminantes importantes, 4 de los cuales no tienen sistema de tratamiento de residuales. Disponen al medio ambiente 933 ton/año DBO5 lo que representa una población equivalente a 65 738 habitantes, 157% de la población actual estimada para la cuenca.
Entre los principales factores limitantes presenta erosión de los suelos (44%), la salinidad (0.4%) y el mal drenaje (6%)
Predominan los sistemas boscosos que tienen gran importancia desde el punto de vista energético, así como la deforestación en las márgenes del río y sus afluentes incluyendo prácticas de desmonte y sobrepastoreo en ellas.
La red de acueducto beneficia 93% de la población urbana y 11.7% de la población rural, aunque con servicio muy irregular. El resto de la población se abastece a través de pozos y pipas, siendo en todos los casos la calidad del agua regular con riesgo de contaminación debido a que no existe un adecuado sistema de alcantarillado y predominan las letrinas como vía de solución a los residuales, además, no hay sistematicidad en el proceso de cloración de las fuentes.

Cuenca Guantánamo-Guaso

Superficie total: 2 347 km2
Población: 410 000 habitantes

Está constituida por las cuencas de los ríos Bano y Jaibo y abarca la totalidad del Valle de Guantánamo. Incluye 5 municipios de la provincia y el municipio Songo La Maya de la provincia de Santiago de Cuba.
Las principales manifestaciones de degradación de los suelos son la salinidad, fenómeno asociado fundamentalmente a las condiciones climáticas. Unas 10 000 ha. se han identificado con problemas ligeros de salinidad, 8 000 ha. medianamente salinas y 8 000 ha. con afectaciones fuertes, para un total de 26 000 ha. afectadas, a las que se suman otras 3 000 ha. con peligro potencial, 87% de los suelos de la cuenca son improductivos.
La erosión es otro de los elementos que influyen en la degradación de los suelos, se estiman unas 207 000 ha. afectadas, categorizadas de la manera siguiente: 89 700 ha. con erosión débil, 43 500 ha. con erosión moderada, 145 200 ha. con erosión fuerte y 207 100 ha. con erosión muy fuerte.

Cuenca Almendares-Vento

Superficie total: 402 km2 (corresponden 52,8 %, (212,5 km2 ) a la provincia Ciudad de La Habana y 47,14 %, (189.5 km2 ) a provincia La Habana)
Población: 570 000 habitantes
Recursos hídricos aprovechables: 287 hm3

El río Almendares es el más importante, con una longitud de 49,8 km. Su red hidrográfica la constituyen numerosos arroyos de carácter intermitente, secos en época no lluviosa por la infiltración de las aguas al manto subterráneo, lo que se debe a las condiciones de carso, característica hidrogeológica predominante.
La contaminación del río es el problema ambiental más serio que presenta la cuenca, siendo la situación sanitaria muy desfavorable, debido a las descargas indiscriminadas de aguas residuales originadas en el sector industrial y urbano, las que no cuentan con tratamiento o funcionan deficientemente.
La erosión se manifiesta fuertemente en 16% del área (6 525 ha). El drenaje deficiente alcanza 0,31% (127 ha) y la salinización se considera insignificante con menos de 0,20% de área afectada, unas 77 ha.
Esta cuenca posee un patrimonio forestal estimado de 1 312 ha. (3,2 % del área total), la deforestación en la cuenca afecta 417 ha, o sea 31,2% del patrimonio forestal, lo que se puede considerar como una afectación sensible.
Se han identificado 89 fuentes contaminantes principales, las que disponen al medio ambiente, en especial a las aguas, 29,7 ton de DBO5/día, lo que representa una población equivalente a 707 147 habitantes (141% de su población actual estimada).
Las entregas de agua subterráneas de buena calidad a la Ciudad de La Habana constituyen 47 % del abasto de agua planificado a la ciudad, lo que caracteriza la importancia de sus recursos hídricos aprovechables, estimados en unos 287 millones de m3/año.

Cuenca Ariguanabo

Superficie total: 188 km2
Población: 90 000 habitantes

La Cuenca Ariguanabo se ubica en la porción Centro-Oeste de la provincia La Habana y comprende los municipios: Bauta, Bejucal, Caimito y San Antonio de los Baños. Del total de su superficie, 82 Km2 contribuyen a la alimentación de los recursos hídricos subterráneos. El volumen anual de extracción de las aguas subterráneas en el territorio es de 155 millones de m3, con un alto peso relativo destinado al uso doméstico, lo que la convierte en una de las fuentes principales de suministro de agua potable a las provincias habaneras, en especial a Ciudad de La Habana.
La cuenca presenta una situación ambiental compleja debido a la contaminación de sus aguas por el vertimiento de residuales industriales y urbanos, los que no cuentan con tratamiento o funcionan deficientemente. Se han identificado 22 fuentes contaminantes principales, las que disponen a los cuerpos receptores unas 5 ton de DBO5/día lo que representa una población equivalente de 112 380 habitantes (125% de su población total).
La deforestación es una de los problemas más importantes ya que 1 270 ha. (54,5%) del patrimonio forestal se encuentran afectadas. Así mismo, presentan drenaje deficiente 5 177 ha (28.0 % del territorio). Sin embargo, los índices de erosión y salinización son discretos.
Los suelos presentan baja fertilidad natural y un bajo contenido de materia orgánica (humus), lo que es sin dudas, un factor negativo que influye la productividad de los suelos de uso agrícola.
El río San Antonio, que constituye la corriente superficial más importante por su vinculación al poblado de San Antonio de los Baños y sus altos valores de recreación, se encuentra contaminado, en especial en su parte urbana. La calidad de las aguas que se recargan al acuífero, a través de la Cueva del Sumidero, es mala, en especial en su calidad microbiológica. La contaminación de la corriente también es evidente en su parte alta, desde la laguna Ariguanabo hasta San Antonio de los Baños, donde existe un exceso de vegetación acuática que dificulta su uso turístico y recreativo.
La baja calidad del agua potable en los principales poblados de la cuenca se ha identificado como un problema sanitario de importancia, debido a los riesgos a la salud que esta situación trae a la población.

Cuenca Toa

Superficie total: 1 061 km3
Población: 12 373 habitantes

Ocupa alrededor de 70 % de la Reserva de la Biosfera que lleva el nombre de “Cuchilla del Toa”, constituye una de las regiones más importantes del país y del Caribe, lo que viene dado por los valores de su diversidad biológica, la variedad de sus paisajes, la unicidad de sus ecosistemas y el elevado endemismo, tanto en flora como en fauna, son el refugio y centro de especiación más antiguo de Cuba.
Presenta una altura media de 488 msnm, pendiente media de 260 metros y una alta densidad del drenaje superficial (0.85 km/km2 ). La precipitación media de 2 630 mm/año y es la más alta para esa región de Cuba. Su corriente superficial principal es el río Toa, que posee una longitud de 131 km y un elevado escurrimiento anual cercano a los 57 m3/seg.
Su población, eminentemente rural, con una densidad poblacional de 12 hab/km2, se distribuye en 42 asentamientos.
Los principales problemas ambientales de la cuenca detectados en su diagnostico ambiental son los siguientes:
· Deforestación, a consecuencia de la tala y la quema indiscriminada, aunque no se considera critica.
· Contaminación, debido a la existencia de 29 fuentes contaminantes principales, las que disponen una carga de 2.5 ton de DBO5/día, equivalentes a 60 905 habitantes, unas 5 veces la carga generada por su población actual.
· Degradación de los suelos, representada por alta erosión potencial que presenta una buena parte del territorio.

Cuenca Hanabanilla

Superficie total: 192 km2
Población: 5 953 habitantes (0.06% de la población del país)

Abarca 140 km2 en Cienfuegos y 52 km2 en Villa Clara. Está localizada en la vertiente sur del sistema montañoso Escambray.
Entre sus elementos más significativos se destaca la presencia del lago artificial Hanabanilla.
Las aguas de la cuenca presentan buen estado de conservación, la salinización es baja y acumulan poca cantidad de nutrientes. Las aguas del embalse Hanabanilla se emplean para diferentes usos, con particular atención al abastecimiento de agua potable en las provincias de Cienfuegos y Villa Clara, con 42% de los suelos afectados por la erosión.
Existe una cobertura boscosa actual de 43%, degradadas por efecto antrópico y las especies forestales propias de la zona han sido sustituidas por otras, en busca de beneficios económicos a corto plazo.