Las funciones esenciales del CICA están definidas en la Resolución No. 130/95 Reglamento para la Inspección Estatal Ambiental y en la Resolución No. 77/99 Reglamento para el Desarrollo del Proceso de Evaluación de Impacto Ambiental.

Entre las funciones se encuentran:

- Coordinar, asesorar y desarrollar el Sistema Nacional de Inspecciones Ambientales Estatales. Evaluación de Impacto Ambiental.

- Otorgamiento de Licencias Ambientales.

- Acreditación a entidades ejecutoras de los Estudios de Impacto Ambiental.

- Capacitación y calificación de los Inspectores Ambientales Estatales.

- Permisos de Importación, Exportación y Reexportación de Especies de la Flora y la Fauna reguladas en CITES.

- Licencias de Movimiento Transfronterizo de Desechos Peligrosos.

- Licencias de Importación y Exportación de Sustancias Agotadoras de la, Capa de Ozono y tecnologías y/o equipos que las contengan.

- Permisos de Importación y Exportación de Productos Químicos Tóxicos de uso industrial severamente restringidos.

- Permisos de acceso a las Áreas Naturales.

- Permisos de acceso a los recursos de la biodiversidad.