Esta hipótesis es una combinación de las dos anteriores. Sugiere que MEGA, aun en caso de tratarse de estructuras naturales que estuvieron emergidas, pudiera haber sido transformadas o adaptadas por seres inteligentes para su uso con alguna finalidad habitacional o religiosa. El valor de esta hipótesis es que abre un camino más amplio a la investigación e interpretación de las evidencias que se obtengan de los fondos marinos de MEGA. Se basa en el hecho de que muchos pueblos antiguos han trabajado la roca natural para construir habitaciones y sitios funerales.